序章：BIGBOSS覚醒

司令官なき部隊

基地内の空気がここ最近ピリピリしている。それもそのはず、BIGBOSSが帰ってくるのだ。2週間前にミラー副司令はそれを俺に伝え、他のみんなに伝えろと言い残して何処かへ向かった。もう1人の参謀、オセロットもいないので、完全に司令官がいない。
そこに神妙な顔をした2人がこちらに来た。オリバーとディビッドだ。
最初に口を開いたのは、「ボスが…ボスが帰ってくる。いつなんだろう…ああ、緊張する…」ディビッドだった。意外にもオリバーはかなり緊張して、最近は話をしない。
「大丈夫だって！ボスはユーモアあるぞ！9年前なんて、俺たちがダンボールで戦車をふざけ半分で作ったら、本気で感謝されたよ！バナナ1本で敵拠点を制圧したりしたんだぜ??」
そう言ったらいつの間にか近くにいた他の仲間達が笑っていた。
「すげーなボス！」「ダンボールの戦車とか考えたことなかったわ。たかがダンボールに礼を言うボスも仲間想いだな！」「バナナで拠点制圧ってどうやるんだ…？」
いや、かなり本気で感謝されたんだが…2人用と言ったらもう1人連れて潜入したし… そこまで考えて彼はある人物を思い出した。
ジョン。彼はかつてレナードが所属していたBIGBOSSの部隊、通称「MSF」で1番優秀な兵士だった。実践を筆頭に研究開発や糧食班ではレトルトカレーを開発、ある時は諜報班として活躍、そしてあの惨劇の時は医療班のメディックとして…様々な事をこなせるので、いろんな班を転々としていた。もちろんBIGBOSSの1番のお気に入りで、2人で潜入する時は大体ジョンと行っていた。レナードにとっては羨ましくもあり、BIGBOSSとは違う意味で憧れの存在だった。だがあの惨劇でボスのヘリが撃墜されてから、生死は不明…恐らくもう…それ以上は考えなかった。俺はジョンの意思を継ぐ、あいつの無念を無駄にしない。レナードはそう考えていた。
そんなことを考えていたら、近くにいるのはオリバーとディビッドだけだった。あまりに神妙な顔だったからか心配されたが、9年前のことだ。といったら、そうか。と分かってくれた。
その時、近くにあった予備用の無線機が鳴った。3人は戸惑ったが、とりあえずレナードが応じた。
「こちらオセロット。悪いニュースだ。ミラーが捕まった。」3人は顔を見合わせた。副司令が…？
「だが安心しろ必ず助ける。9年の時を経て復活した、伝説の傭兵がな」