物語全体のあらすじ 死亡者有り版

あらすじ

二部と三部の間に二部までの風呂敷をたたむ為の話。
二部終了の後、ガイは自分の錬金術の魔術式を生み出した罪を抱え生きていた。両親の貯金を最大限に活用し、ウォーレンに錬金術のせいで家族が亡くなった方々の遺族の支援をしてくれるように頼み、更に毎日世界中に散らばってる慰霊碑に土下座しに行く事で信用を勝ち取って行った。
そしてその裏で霊界へ向かう事の出来る魔術画を世界中の遺族の想いを繋げて創り出そうとしていた。

それに気付いたリーンはガイを止めに向かう。ガイの目的の為に多くの人々がリーンの前に立ちふさがるがリーンは難なく蹴散らしていく。
そしてガイとリーンとの戦いでリーンはガイに霊界から帰る見通しが無いならそれはただの集団自殺と変わらないと指摘する。そこからは両者のエゴのぶつけ合いとなり、最終的に引き分けとなる。
そこから説得イベントがあり、そこでガイは説得される。だがそこでそれを認めない男、エレンが出てきてガイから人々の想いを集める道具を奪い取る。
そこで二人が協力、エレンを倒す。

三部ではガイ達が住んでいた国が世界人口の削減をすると宣言し、ガイ達は反逆する。レイナが生き返ったり、記憶に残っていた錬金術の魔術式が奪われそうになり記憶を消す事でそれを阻止したり、実は魔術が神の力の一部であったり、リーンとセイアが次元航行システムの鍵だったり、その次元航行システムに取り込まれた二人を助け出すとシステム内にあったプログラムを魔力が取り込んだエネルギーが出てきてそれを国王に協力していた科学者が取り込み、神と同等の存在となったり、その戦いの中で復活していたレイナが死んだり色々あるが最終的には神になった科学者を倒して話は終わる。